【税理士監修】個人住民税の特別徴収税額の電子納付手続方法

特別徴収の概要について

個人住民税の特別徴収とは、事業者（給与支払者）の方が、毎月の給料の支払時に、所得税と同じように、給料から差し引いて徴収し、従業員の方に代わって、市町村へ納入する制度です。

事業者の方は、法人・個人を問わず、特別徴収義務者として、すべての従業員について、個人住民税を特別徴収する必要があります。

特別徴収の流れ

タイトル	スケジュール	詳細
（1）給与支払報告書の提出	翌年1月31日まで	特別徴収義務者＝事業者（給与支払者）が従業員の居住する市町村へ
（2）特別徴収税額の通知	5月31日まで	従業員の居住する市町村から特別徴収義務者＝事業者（給与支払者）へ 特別徴収義務者＝事業者（給与支払者）から納税義務者＝従業員（給与所得者）へ
（3）毎月の給料から特別徴収	6月から翌年5月まで	納税義務者＝従業員（給与所得者）から特別徴収義務者＝事業者（給与支払者）へ
（4）特別徴収した税の納入 （赤枠部分）	翌月10日まで (例：7月支給の給与から天引きした住民税は、8/10までに納付が必要)	特別徴収義務者＝事業者（給与支払者）から従業員の居住する市町村へ

上述の通り、事業者（給与支払者）は、特別徴収した住民税を翌月10日までに毎月納付する必要があります。（赤枠部分）

本コラムでは、特別徴収した住民税のeL-Tax上での電子納付手続きについて、ご説明いたします。

住民税特別徴収税額の決定通知書を確認・保管

毎年5月中旬ごろに、従業員の居住地である各市町村から住民税の決定通知書が法人宛に送付されますので、その情報を紙もしくはデータで保管しておきます。

提出先情報の登録

eL-Taxサイトへのアクセス・ログイン

以下のURLにアクセスしたのち、「PCdesk（WEB版）」をクリックします。

https://www.eltax.lta.go.jp

利用者ID・暗証番号を入力し、eL-Taxシステムにログインします。

提出先の登録

利用者メニューの利用情報セクションの中にある「提出先・手続き変更」をクリックします。

現在登録されている提出先・手続き情報が表示されているので、右下の「追加」をクリックします。

追加で登録したい都道府県・市町村等の情報を入力し「検索」をクリックします。提出先候補一覧に対象となる市町村情報が表示されますので、左側のチェックマークをクリックしたのち、右下の「追加」をクリックします。

なお、申告税目：「個人都道府県民税・市区町村民税（特別徴収）」を選択します。

追加した市町村が「②追加対象提出先」に追加されていることを確認したのち、左側にチェックマークを入れます。

その後、課税地・事業所名をお客様の事業所所在地情報を記入します。

電子納付手続き

「提出先情報の登録」を行ったのち、登録した市町村への電子納付手続きを進めていきます。電子納付手続きは、大きく以下の2つの手続きで構成されます。
・納付情報の発行依頼手続き
・発行依頼済納付情報に基づく電子納付手続き

納付情報の発行依頼手続き

「納税メニュー」を選択します。

「個人住民税（特徴）」を選択します。

「手入力による作成」を選択したのち、「納入対象年度」にて対象となる事業年度を選択します。（令和6年6月～令和7年5月徴収分については、「令和06年度」を選択します）その後、「次へ」を選択します。　
※過去にeL-Tax上で納付情報を作成したことがある場合には、「過去の納付情報をもとにして作成」することも可能です。

「納付・納入金額入力（総括表）」にて、事業者の名称及び住所を入力します。

「納付・納入金額入力（明細）」の「追加」を選択します。

「明細情報入力」から、住民税の納付先となる地方公共団体の情報を選択します。（「提出先情報の登録」セクションで登録された地方公共団体が選択肢として表示されます）納入対象年月も選択した上で、左下の「納付・納入金額入力」を選択します。

「住民税特別徴収税額の決定通知書」の金額情報に基づき、個人住民税（特別徴収）の金額を入力します。その後、右下の「確定」を選択します。

先ほど入力した納付先や金額情報が「納付・納入金額入力（明細）」で正しく反映されているかを確認したのち、「次へ」を選択します。

入力内容に間違いが無いことを確認したのち、「送信」を選択します。

発行依頼済納付情報に基づく電子納付手続き

「納付情報発行依頼の確認・納付」を選択します。

「納付情報一覧」画面で、納付したい納付情報の「選択」のチェックボックスをクリックし、「次へ」を選択します。

納付情報に間違いが無いことを確認したのち、「納付情報確認」画面で「次へ」を選択します。

ダイレクト方式納付の事前登録手続きが済んでいるお客様については、「納付方法選択」から「ダイレクト方式」や「支払口座一覧」から支払元口座にチェックします。

その後、納付方法から納付日付を選択した後に、右下の「次へ」をクリックします。ダイレクト納付で手続きが完了しましたら、「納付確認」画面が表示されていることを確認します。（これで手続完了）

なお、ダイレクト方式納付の事前登録手続きが済んでおらず、インターネットバンキングで納付するお客様については、以下の流れで納付を進めます。

参考：インターネットバンキング経由での納付手続き（ダイレクト納付手続きの事前申請が完了していないお客様向け） 「納付方法選択」画面で「インターネットバンキング」を選択して「次へ」をクリック →「支払金融機関の選択」ウィンドウから納付に利用する金融機関を選択 →金融機関が提供しているネットバンキングの画面案内に沿って手続きを行う →ネットバンキングで手続きが完了したら、「納付確認」画面が表示されていることを確認(これで手続完了)